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解析 Ensembl 的数据库服务器(图文详解)

更新时间:2025-01-11 09:51:01

在生物信息学的学习中,Ensembl 是不可或缺的工具,我们通常通过网页访问它,如 uswest.ensembl.org/index.html,这个界面就像在线商店的展示,而其背后的数据存储则隐藏在数据库服务器中,对我们的研究至关重要。

Ensembl 的数据仓库由四个服务器地址支撑,提供匿名访问权限,这使得我们在数据库层面的操作更为灵活,能够获取更详细的信息。Ensembl 依赖 MySQL 和 MariaDB 这两大数据库管理系统,它们的起源和关系略有渊源:MySQL 由麦克尔·维德纽斯开发,后被 Oracle 收购,社区成员为避免版权风险,创立了 MariaDB。

要连接 Ensembl 的数据库服务器,可以使用 Navicat 工具,选择 MySQL 连接,填写适当的服务器地址以优化访问速度。例如,连接到人类 hg38基因组的 Ensembl 104 版本架构数据库,其名称遵循特定格式。

Ensemble 的核心数据库,如 Core 数据库,采用了星型、雪花型和星系型等多种维度模型来组织数据。星型模型是最基础的,由事实表和维度表构成,如基因信息表(gene)、等位基因表(alt_allele)和基因属性表(gene_attrib)。雪花型模型通过细分维度表,增加了信息维度,而星系型则涉及多个事实表共享维度表,Ensembl 实际上采用了星系型来保证数据的全面性和清晰性。

对于生信分析师,理解这些模型有助于更高效地检索和利用 Ensembl 数据。深入学习更多生信数据库知识,可以访问 zhenglei.blog.csdn.net 获取更新内容。

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